Tanto la colitis ulcerosa como la enfermedad de Crohn forman parte del grupo de las enfermedades inflamatorias intestinales. La enfermedad de Crohn se caracteriza por una inflamación que puede afectar a cualquier porción del aparato digestivo, desde la boca hasta el ano. Parece que se produce por factores genéticos que podrían desencadenar la enfermedad en presencia de otros factores externos como ciertas infecciones, algunos hábitos alimenticios o la flora bacteriana propia del niño. En cuanto al componente genético o hereditario, es fácil encontrar antecedentes de esta enfermedad en los familiares del niño que la padece.
Estos factores externos lo que hacen es desencadenar un cuadro de inflamación que puede extenderse por parte o por todo el intestino, afectando de forma indistinta a intestino delgado y grueso, aunque las zonas que más se suelen afectar son la parte final del intestino delgado y la parte inicial del intestino grueso, situada a continuación. Lo típico es que se afecten zonas en forma de parches o segmentos de forma que hay zonas afectadas junto a zonas sanas. Es frecuente que se produzcan también abscesos o fístulas.